Os cursos ministrados pela UCP e os graus que confere (licenciatura, mestrado e doutoramento) têm o mesmo valor e produzem os mesmos efeitos que os das Universidades estatais (Decreto-Lei nº 128/90).

Desde a entrada em funcionamento da Agência para a Acreditação e Avaliação do Ensino Superior (A3ES) em 2009, os ciclos de estudos conducentes a graus da UCP passaram a ser submetidos a acreditação e avaliação por aquela Agência:
- Acreditação Prévia de Novos Ciclos de Estudos
- Avaliação/Acreditação de Ciclos de Estudos em Funcionamento

Organização do ensino

No quadro do processo de Bolonha , entrou em funcionamento a partir de 2006/07, o novo modelo de organização das formações, com currículos baseados num sistema de créditos (ECTS - European Credit and Transfer System) e uma duração normal contada por semestres letivos.

As licenciaturas (1º ciclo)  têm uma duração normal de 6 a 8 semestres (180 a 240 créditos-ECTS).

Os mestrados  (2º ciclo)  e  mestrados integrados (1º e 2º ciclo integrados) têm uma duração normal de 3 ou 4 e 10 semestres respetivamente (90 ou 120 e 300 ECTS).
O 3º ciclo, que conduz ao grau de doutor, segue dois modelos: 
    - o modelo tradicional "tutorial", de investigação sob orientação direta e individual de um ou, por vezes, dois professores ou investigadores, em ordem à apresentação e defesa de uma tese. A sua duração é de pelo menos 4 semestres;
   - o novo modelo, introduzido a partir de 2003/04, em que a investigação é antecedida por uma parte curricular: o curso de doutoramento.

Formação avançada, Cursos para executivos, Cursos de Verão

A Universidade tem uma forte presença no campo da formação avançada/formação contínua e formação de executivos, com cursos organizados por todas as suas unidades. 
Em muitos casos estes cursos conferem créditos ECTS e permitem a obtenção de um diploma ou certificado.
As Escolas de Negócios da UCP - Catolica Lisbon School of Business & Economics (CLSBE) e Catolica Porto Business School (CPBS)  - têm uma já longa e bem sucedida experiência na formação de executivos para instituições nacionais e internacionais.
A CPBS que oferece, entre outros o MBA Atlântico, acreditado pela AMBA, é membro da EFMD (European Foundation for Management Development), uma das principais redes de Escolas de Gestão do mundo.
A CLSBE tem a "Triple Crown Accreditation" há vários anos e é consistentemente classificada no Top das Business Schools em Portugal pelo Financial Times desde 2008 e ficou em 26º lugar no ranking europeu mais recente.

Regime e horário de ensino

O regime de ensino é presencial e diurno, salvaguardada a possibilidade de regimes especiais, como é o caso dos estudantes-trabalhadores (Regulamento dos trabalhadores-estudantes).
Dado que as pós-graduações, formação avançada e cursos para executivos se destinam em geral a pessoas com atividade profissional, procura-se que a lecionação decorra ao fim do dia e aos sábados.

E-learning e B-learning

As atividades de ensino aberto e a distância e as acções de formação que utilizam as novas tecnologias de informação e comunicação são cada dia mais importantes.
Iniciaram-se em 1994 na UCP com o programa DISLOGO. 
A Faculdade de Teologia tem vindo a desenvolver com sucesso cursos neste regime de ensino a distância, como por ex. o Mestrado em Ciências Religiosas.
Em Lisboa, os cursos de Ciências Religiosas e Filosofia são ministrados em regime de B-Learning.

Em Braga, na Faculdade de Filosofia e Ciências Sociais, têm sido ministrados em regime de B-Learning os 2ºs ciclos em Literatura e Filosofia da Religião.