Organização

O Reitor tem a responsabilidade da gestão académica e administrativa da Universidade.
É coadjuvado pelo(s) Vice-Reitore(s), Pró-Reitor e por um(a) Administrador(a).
Os Estatutos da Universidade  estabelecem que a sede é em Lisboa.
Por essa razão a Reitoria está sediada no campus de Palma de Cima, embora a Reitora se desloque regularmente aos Centros Regionais para presidir a cerimónias, atos académicos e reuniões, bem como manter o contato com alunos, docentes e funcionários dos diversos pólos.

Equipa Reitoral

Reitora:
Profª. Doutora Isabel Maria de Oliveira Capeloa Gil
Vice-Reitora:
Profª. Doutora Teresa Teixeira de Vasconcelos Lloyd Braga
Vice-Reitor:
Pe. Doutor José Manuel Pereira de Almeida
Vice-Reitor:
Prof. Doutor Miguel José Pereira Athayde Marques
Vice-Reitor:
Prof. Doutor Luís Gustavo Pereira Marques Martins
Vice-Reitor:
Prof. Doutor Fernando Augusto de Sousa Ferreira Pinto
Administradora:
Drª Helena Brissos de Almeida

Nomeação

O Reitor é apresentado pelo Magno Chanceler à Congregação para a Educação Católica para nomeação, depois de ouvida a Conferência Episcopal Portuguesa e o Conselho Superior da Universidade.
O mandato é de 4 anos, podendo ser renovado.
Os Vice-Reitores são nomeados pelo Magno Chanceler sob proposta do Reitor e o seu mandato cessa com o do Reitor.

O Gabinete da Reitoria dá apoio direto à Reitoria.